Военная. Дети отправились в нашумевший «Детский Крестовый поход». Но этот поход случился ещё в 1212 году.
Эпидемия. Дети ушли из города, и их сразила чума. Но чума пришла в Европу, аж через 75 лет после событий в Гамельне.
Историки вспомнили о массовом психозе во время и после чумы, когда жителей европейских городов массово поражало приступом хореомании.
Эмиграция. Дети могли быть уведены местным феодалом в другие земли. В те годы германцы переселялись на восток в Моравию и в Прибалтику, где основывали свои города. Но в случае переселения в Прибалтику, они сели на корабль, во время плавания на море случился шторм и корабль вместе с экипажем и пассажирами пошёл ко дну. А в случае переселения в Моравию или Трансильванию, они пресекли горы. Что совпадает с одним из элементов легенды. Крысолов их отвёл к горе Копен.
Фантастическая версия. Крысолов был пришельцем. И все дети были посажены на звездный корабль.
В культуре история Гамельнского крысолова отобразилась почти во всех аспектах. И в сказках, и в классических музыкальных произведениях и развлекательном кинематографе, и в литературе. А современный Гамельн на полную катушку использует эту историю в туристическом бизнесе.