Первый флаг у Башкирии появился после Октябрьской революции 1918 года. Цвета были такие же, но вот расположены они были в другом порядке: сверху синий, по-середине зелёный, затем – белый. Цвета символизировали тюркскую принадлежность, ислам и стремление к миру.
В скоро времени флаг стал красным, добавилась золотая надпись с названием республики. Появилась вертикальная полоска светло-синего цвета.
В 1990 году, после распада СССР, правительство Башкортостана объявило конкурс на создание нового флага. Сначала хотели вернуть первый триколор, но подобный флаг уже утвердила Республика Коми. Была идея поменять цвета местами. По словам художника издательства «Китап» Урала Масалимова, белый цвет на краю флага никак не смотрелся.
Победителями конкурса стали сразу двое – Масалимов и 15-летняя студентка Училища искусств Ольга Асабина. Поучаствовать в конкурсе ей предложил папа, Евгений Асабин, журналист, который стоял у истоков создания информационного агентства «Башинформ». На тот момент он занимал должность заместителя гендиректора.
Над созданием флага и герба авторы работали вместе. Синий цвет означает ясность, добродетель и чистоту помыслов народов республики; белый – миролюбие, открытость, готовность к взаимному сотрудничеству; зеленый – свободу, вечность жизни. В центре белой полосы флага золотистым цветом изображена эмблема – круг, внутри которого находится стилизованный цветок курая, состоящий из семи лепестков. Цветок курая – символ дружбы, семь его лепестков указывают на семь родов, положивших начало единению народов Башкортостана на его территории.